Территория Экоцентра представляет собой типичный участок Юго-Западных Кызылкумов, расположенный на массиве Карнабчуль. Ландшафтная экспозиция представлена возвышенностью – горой Кайкасач, высотой 332 м н.у.м., мелкобугристыми песками, такырами, солончаками и озерами.

Почвы территории пролювиальные и аллювиально-пролювиальные, щебнистые и хрящевые отложения с гипсоносными сероземами под полынно-солянковой растительностью. Отдельными участками здесь встречаются такыровые сероземы.

 

С понижением высоты местности грубоскелетный состав пролювиальных отложений сменяется на более мелко землистые, глинистые и тяжелосуглинистые, а почвы переходят в такыровидные сероземы и такыры, обычно солончаковые. В понижениях имеется четко выраженная солончаковая депрессия.

По структуре почв территория на 40% состоит из серо-бурых пустынных и на 60% из пустынных такыровидных с такырами и солончаками. По типу растительности это саксаулово - кустарниковые ассоциации с эфемерами, полынями, полукустарниковые полынные сообщества с солянками и эфемерами.

В южной части 1-го участка находится озерный комплекс, состоящий из 4-х озер различной степени засоленности. Вода в озера поступает из Аму-Бухарского канала и самоизливающейся скважины. Степень минерализации воды в озерах может находиться в пределах 1,1 до 24 г/л, а при усыхании некоторых озер засоление достигает до 74 г/л. На 2 участке, неподалеку от г. Кайкасач, расположены 4 самоизливающиеся скважины различной степени солености.